Traitement d'images biomédicales

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Responsable Vincent Noblet
Participants : Etienne Baudrier, Christophe Collet, Sylvain Faisan, Christian Heinrich, Fabrice Heitz, Ernest Hirsch, Alex Lallement, Céline Meillier, Nicolas Meyer, Benoit Naegel, Christian Ronse, Erik-André Sauleau, Mohamed Tajine, Laurent Thoraval
Doctorants : Anastasiia Bozhok, Elena Chabran, Céline Heimburger, Aurélien Launay, Yves Michels, Lucas Soustelle, Florian Tilquin
Post-doctorants : Odyssée Merveille, Cagdas Bilen


Objectifs

Ce thème a pour objet le développement de modèles, de méthodes et d’algorithmes pour le traitement de données issues de divers imageurs médicaux et biologiques :

  • imagerie par résonance magnétique (structurelle, diffusion, angiographie, fonctionnelle,...)
  • imagerie de médecine nucléaire
  • scanner X
  • microscopie électronique
  • histologie
  • imageur spectro-polarimétrique
  • etc.
Modalities.png

Le but est de développer des méthodes de traitement d’image pour l’étude du vivant à différentes échelles dans le cas de données pré-cliniques (imagerie du petit animal) et cliniques (imagerie de l’homme) :

  • échelle microscopique : reconstruction de macro-molécules en microscopie électronique, analyse d’images cellulaires avec la technologie FIB/SEM, ...
  • échelle mésoscopique : analyse de données histopathologiques, étude de tissus biologiques en imagerie polarimétrie, ...
  • échelle macroscopique : étude de la connectivité cérébrale, ...
AnalyseMultiEchelleDuVivant.png

Contexte et domaines d'application

L’ensemble des travaux de recherche est réalisé en étroite collaboration avec nos partenaires biologistes, médecins et chercheurs en neurosciences, avec notamment de fortes interactions avec l’équipe IMIS. Ces activités font partie de l’axe transverse Imagerie et Robotique Médicale et Chirurgicale (IRMC), et s’intègrent pour partie dans la Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS) et l'IHU de Strasbourg. Un lien étroit existe aussi avec l’acquisition d’images, notamment grâce à l’accès privilégié à la plate-forme Imagines du laboratoire.

Les enjeux des outils développés sont à la fois une meilleure prise en charge du patient (médecine personnalisée), que ce soit pour le diagnostic, le pronostic ou l’évaluation d’une réponse thérapeutique, et l’élaboration de nouvelles connaissances, notamment en neurosciences. Les domaines d'application abordés sont principalement :

  • l'étude de la maturation et du vieillissement cérébral
  • les pathologies neurodégénératives (maladie d'Alzheimer, démence à corps de Lewy)
  • les pathologies inflammatoires du système nerveux central (sclérose en plaques, neuromyélite optique)
  • les cancers (glioblastomes, hépatocarcinomes)

Thématiques de recherche

Les activités de recherche du thème sont structurées suivant six axes :

Reconstruction de données
Reconstruction.jpg
Segmentation
Segmentation.jpg
Recalage
Recalage.jpg
Détection et prédiction de changements
Changement.jpg
Comparaison de populations
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Etude de la connectivité cérébrale
Connectivite.jpg

Publications